Desde la Coalición de ONG para la reforma procesal penal advirtieron que el proyecto afectaba fuertemente el diseño del Ministerio Público Fiscal. El dictamen firmado en la última reunión plenaria de las comisiones de Justicia, Legislación Penal y Presupuesto y Hacienda corrigió algunos de los principales problemas que presentaba el proyecto original, en respuesta a las numerosas críticas que se habían realizado, pero incorporó nuevas modificaciones que lo hacen inconstitucional por afectar fuertemente la independencia y autonomía del MPF, lo que, incluso, fue señalado por la diputada Elisa Carrió (Frente Cambiemos).